청구법인은 2015.4.29.일부터 2015.8.8.일까지 000소재 000으로부터 수입신고번호 000호 외 2건으로 대기오염 측정 장비인 000(이하 쟁점물품)를 수입신고하면서, 관세법 제92조에 따라 “정부용품 등” 관세감면(감면율: 100%)을, 부가가치세법 시행규칙 제39조에 따라 “과학용품 등” 부가가치세 면제(100% 면세)를 신청하고, 처분청으로부터 이를 승인받았다.

청구법인에 의하면, 국세청장은 종전에 국가와 지방자체단체에서 직무 수행을 위하여 시험 연구목적으로 수입하는 재화(이하 과학용등 수입재화)는 부가가치세법 시행규칙 제39조 제1항에 따라 부가가치세 면제대상이라고 유권해석하였다.

또 그 이후 기재부장관은 2014.5.14.일 관세청장의 질의에 대하여 “정부조직법 제2조 또는 제3조에 따라 설치된 행정기관이 그 소관 사무를 위해 수입하는 과학용등 수입재화는 부가가치세 과세대상”이라고 회신하였고, 국세청장은 2015.9.17.일 000시장의 유권해석 의뢰에 대하여 종전의 세법 해석을 변경하여 지방자치단체가 수입하는 과학용등 수입재화는 부가가치세 과세대상이라고 회신하였다. 이에 청구법인은 쟁점물품은 국세청장이 새로운 법령해석을 한 날(2015.9.17.) 이전에 수입되었으므로 부가가치세가 면제되어야 한다고 주장했다.

처분청은 종전 국세청장의 유권해석에 따라 지방자치단체가 수입하는 과학용등 수입재화에 대하여 부가가치세를 면제하였다가, 2014.5.23. 관세사 등에게 2014.5.23.일 이 후에 수입되는 과학용등 수입재화는 부가가치세 면제대상이 아니라고 통보하였음에도, 해당 공문 통보일 이후에 수입된 쟁점물품에 대하여 부가가치 면제를 승인하였다. 이에 청구법인은 처분청의 면제승인은 신뢰하여 2016.1.11.일 국고보조금 잔액을 반납하고 사업을 완료하였음에도, 처분청이 이에 반하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 신의성실원칙에 위배되므로 취소되어야 한다고 주장했다.

처분청은 새로운 법령해석은 상위기관인 기획재정부장관이 유권해석 한날(2014.5.14.)에 이루어졌다고 봄이 타당하고, 2015.9.7.일자 국세청장의 회신은 상위기관의 유권해석을 확인하는 정도에 불과하므로 기획재정부장관의 유권해석일 이후에 수입된 쟁점물품은 부가가치세 과세대상으로 보고 있다.

또 신고납부제도아래서는 수입신고에 대한 세관장의 수리행위는 단순한 사실행위에 불과할 뿐 어떠한 견해를 표명하였다고 할 수 없고, 수입신고 전 세액심사를 거쳐 관세감면을 적용하여 수입신고 수리하였다는 이유만으로 해당물품에 대하여 비과세하겠다는 과세관청의 암묵적 또는 명시적 견해표명이 있다고 볼 수 없으므로  이 건 처분이 신의성실원칙에 위배된다는 청구주장은 이유 없다는 의견을 냈다.

그러나 청구법인은 2015.9.17.일자 국세청장의 회신이 최종적인 새로운 세법 해석이므로 그 이후에 수입되는 과학용등 수입재화에 대해서만 부가가치세를 과세하여야 하고, 또 처분청이 쟁점물품 수입신고수리 시 청구법인의 부가가치세 면제신청을 받아들였다가, 수입신고수리 후에 다시 과세한 이 건 처분은 신의성실원칙에 위배된다고 주장한바 있다.

한편 조세심판원은 종전 국세청장의 세법 해석은 상위기관인 기획재정부장관의 2014.5.14.일자 유권해석에 따라 새로운 세법 해석이 이루어진 것으로 보이고, 또 신고납부제도 아래서는 수입신고 수리행위는 단순한 사실행위에 불과하여 처분청이 청구법인의 신청을 받아들여 쟁점물품의 부가가치세를 면제하여 수입신고 수리하였다는 이유만으로 쟁점물품에 대하여 비과세하겠다는 과세관청의 암묵적 또는 명시적 견해표명이 있었다고 보기 어려운 점등으로 비추어 볼 때 신의성실원칙 또는 소급과세금지원칙을 위배한 처분이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 심리판단, 기각 결정(조심2017관0098, 2017.7.3.)을 내렸다.

다음은 청구이유서·처분청 답변서 등 심리자료를 종합한 사실관계 및 판단사항이다.

①국세청장은 2012.1.27. 식품의약품안전청장이 식품의약품안전청과 그 소속기관 직제 시행령과 동 시행규칙에 따른 직무범위 내에서 수행하는 시험 연구업무에 사용하기 위하여 관세가 감면되는 물품을 수입하는 경우 당시 부가가치세법 시행령 제41조 제1호와 같은 법 시행규칙 베39조 제1항 제1호(현행 부가가치세법 시행령 제51조 제1호와 같은 법 시행규칙 제39조 제1항 제1호)에 따라 부가가치세가 면제된다고 유권해석하였다.

또 2012.9.14.일 검찰청사무기구에 관한 규정에 따른 대검찰청 과학수사기획관실이 범죄수사와 관련된 감정· 감식 기법 및 과학수사분석기법에 관한 연구업무에 사용하는 물품으로서 관세가 감면되는 물품의 수입에 대하여 위 유권해석000을 참조하도록 유권해석하였다.

②관세청장은 기획재정부장관의 유권해석에 따라 2014.5.21.일 산하 세관장에게 행정기관이 직접 그 소관업무로서 시험 연구장비를 수입하는 경우 통보일 이후 동 물품 수입 시 부가가치세를 부과할 것을 지시 000하였고, 처분청은 2014.5.23.일 한국관세사회 및 관할구역 내 통관 관세사에게 “행정기관의 과학· 교육· 문화용 수입재화에 대한 부가가치세 과세 알림 공문을 통보하면서, 행정기관의 범위에 “국가와 지방자치단체를 포함 한다”고 명시하였다.

③청구법인은 2015.4.29.일부터 2015.8.8.일까지 쟁점물품을 수입신고하면서 관세법 제92조에 따라 관세감면 신청을, 부가가치세법 시행령 제51조 제1호 및 같은 법 시행규칙 제39조 제1항 제1호에 따라 부가가치세 면제신청을 하여 처분청으로부터 이를 승인받았다.

④관세청에서는 2016년 취약세관에 대한 종합감사를 실시한 결과, 2016.11.28.일 처분청에 부가가치세법 시행령 제51조 제1호 및 같은 법 시행규칙 제39조 제1항 제1호의 규정에 따라 정부조직법 제4조 또는 지방자치단체의 조례에 따라 설치된 기관이 운영하는 시험소, 연구소, 공공직업훈련원, 공공도서관, 동물원, 식물원 및 전시관에서 사용되는 물품에 한하여 부가가치세가 면제되므로 쟁점물품에 대한 부가가치세 면제승인을 시정할 것을 통보000하였다.

⓹국세기본법 제18조 제3항에서 “세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니 한다”고 규정하고 있고, 같은 법 통칙 18-0…2[새로운 세법해석의 적용시점]에서 “새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 적용 한다”고 규정하고 있다.

[관련법령]

▶관세법 제5조(법 해석의 기준과 소급과세의 금지)

▶관세법 제6조(신의성실)

▶부가가치세법 제27조(재화의 수입에 대한 면세)

▶부가가치세법 시행령 제51조(과학용 등으로 수입하는 재화로서 면세하는 것의 범위)

▶부가가치세법 시행규칙 제39조(면세하는 과학용 등의 수입재화와 관련한 과학용 시설 등의 범위)

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