납세자가 세법에서 모호한 부분에 해석을 내려달라며 서면질의를 했으나 1년 넘게 결론이 나지 않은 경우가 약 20%에 달하는 것으로 나타났다.

17일 국회 기획재정위원회의 '2019회계연도 결산 검토보고서'에 따르면, 올해 4월 말 현재 국세청이 처리 중인 세법해석 관련 납세자의 서면질의는 2천920건으로, 이 중 접수된 지 1년 이상 흐른 건수가 557건(19%)이었다.

접수 후 경과 기간별로 보면 1천56건(36%)은 3개월 이내였지만, 663건(23%)은 3~6개월, 644건(22%)은 6개월~1년이었다.

종합부동산세·양도소득세 등 부동산 세제가 몇 년 새 여러 차례 바뀌면서 최근 납세자가 국세청에 제기하는 서면질의 건수는 해마다 증가하는 추세다. 이에 따라 국세청이 세법 해석 업무 처리에 걸리는 시간도 길어지는 것으로 보인다.

국세청에 따르면, 서면질의 신청 건수는 2015년 2천933건, 2016년 3천558건, 2017년 3천368건, 2018년 3천989건, 2019년 4천473건, 올해 1∼4월 2천103건을 기록했다.

국세청 규정상 개인, 법인 등 민원인은 세법해석과 관련한 일반적인 사항에 대해 국세청장에게 서면질의를 할 수 있다. 이 경우 일차적으로는 해당 세목을 담당하는 국에서 접수해 처리하고, 기존 해석이 없어 새로운 해석이 필요하거나 기존 해석이 현저히 불합리해 변경이 필요한 경우 징세법무국으로 넘겨서 처리한다.

만약 징세법무국이 넘겨받은 서면질의 가운데 입법 취지에 따른 해석이 필요한 경우, 기존의 해석 또는 관행을 변경해야 하는 경우, 납세자 권리와 의무에 중대한 영향을 미치는 경우는 기획재정부에 세법해석을 요청하게 돼 있다.

뿐만 아니라, 국세청이 민원인의 서면질의 답변에 오랜 시간이 걸릴 경우 이를 민원인에게 알려주게 돼 있지만, 최근 5년간 국세청이 민원인에게 발송한 서면통지는 33건에 그친 것으로 나타났다.

국세청이 기재위에 제출한 '서면질의 이송 및 처리 진행상황 통지 건수' 자료에 따르면, 민원인에 처리 진행상황을 통지한 건수는 2015년 15건, 2016년 4건, 2017년 3건, 2018년 11건, 2019년 0건으로 5년간 총 33건이었다.

국세청 규정은 민원인 질의가 국세청 징세법무국으로 넘어갈 경우 이를 민원인에게 통지해줘야 하고, 업무처리에 상당 기간이 소요될 걸로 예상되면 처리 진행 상황을 통지하도록 하고 있다.

기재위는 검토보고서에서 "국세청은 납세자가 가산세 등 불이익 처분을 받지 않도록 하고 납세자의 예측 가능성을 제고할 필요가 있다"며 "국세청은 서면질의 처리 기간을 단축하기 위해 노력하고, 민원인이 처리 진행 상황을 쉽게 파악할 수 있게 통지 의무 규정 등 관련 사항을 개선할 필요가 있다"고 지적했다.

또한 "국세청이 기재부에 서면질의에 대한 세법 해석 요청을 하는 경우 민원인에 대해 통지 의무가 없다"며 "국세청이 기재부에 해석을 요청하는 경우에도 민원인에게 해당 사실을 통지하도록 하는 게 바람직하다"고 말했다.