(조세금융신문=김용주 변호사) 1. 사안의 개요

원고는 2009년 12월 14일 및 2010년 2월 16일 남대문세무서장의 원고에 대한 2009년 귀속 종합부동산세 등 부과처분에 따른 금액을 납부하였고, 2010년 12월 14일 및 2011년 2월 15일 2010년 귀속 종합부동산세 등을 신고납부하였다.

또한 원고는 과세물건의 추가를 이유로 한 남대문세무서장의 제1차 증액경정처분에 따라 증가된 2009년 및 2010년 귀속종합부동산세 등을 2012년 11월 30일에 과세물건의 면적변동 및 과세유형의 변경을 이유로 한 남대문세무서장의 제2차 증액경정처분에 따라 증가된 종합부동산세 등을 2009년 귀속분은 2014년 6월 13일에 2010년 귀속분은 2015년 6월 15일에 각 추가로 납부하였다.

그 후 원고 등이 남대문세무서장 등을 상대로 제기한 종합부동산세 부과처분 등 취소 청구의 소의 판결이 확정됨에 따라 남대문세무서장은 2016년 3월 25일 및 2016년 3월 28일 종합부동산세 세액 계산시 공제할 재산세액이 과소 산정되었음을 이유로 원고에게 초과 납부한 2009년 및 2010년 귀속 종합부동산세 등의 금액을 환급금(이하 ‘이 사건 환급금’)으로 결정하고 그 금액 및 환급가산금(이하 ‘이 사건 환급가산금’)을 지급하였다.

당시 남대문세무서장은 이 사건 환급가산금을 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제1호 단서에 따라 2009년 및 2010년 귀속 종합부동산세의 각 마지막 납부일 다음날부터 순차적으로 기산하여 산정하였다.

2. 관련규정

구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것) 제52조는 “세무서장이 국세환급금을 지급할 때에는 대통령령으로 정하는 국세환급가산금 기산일부터 지급결정을 하는 날까지의 기간과 대통령령으로 정하는 이자율에 따라 계산한 금액(이하 ‘국세환급가산금’)을 국세환급금에 가산하여야 한다”고 규정하고 있다.

그 위임에 따라 국세기본법시행령 제43조의3 제1항 제1호 본문은 ‘착오납부, 이중납부 또는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정(제5호에 해당하는 경우는 제외한다)하거나 취소함에 따라 발생한 국세환급금’의 경우 ‘국세 납부일의 다음날’을 원칙적인 기산일로 규정하면서도, 같은 호 단서는 예외적으로 ‘그 국세가 2회 이상 분할납부된 것인 경우’에는 ‘그 마지막 납부일의 다음날’부터 국세환급가산금을 기산하되, ‘국세환급금이 마지막에 납부된 금액을 초과하는 경우’에는 ‘그 금액이 될 때까지 납부일의 순서로 소급하여 계산한 국세의 각 납부일의 다음날’을 국세환급가산금 기산일로 정하고 있다.

3. 대법원의 판단

대법원은 “위와 같은 관련 규정의 내용과 체계 및 국세환급가산금은 국세환급금에 대한 법정이자로서의 성질을 가진 지급금이라는 점 등을 고려하면, 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 취소함에 따라 발생한 국세환급금의 경우 국세환급가산금의 기산일은 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제1호 단서에 따라 ‘그 국세가 2회 이상 분할 납부된 경우’ 등이 아닌 이상 같은 호 본문에 따라 ‘국세 납부일의 다음날’로 봄이 타당하다.”고 하면서, “동일한 과세기간 및 세목의 국세에 대하여 당초 신고 또는 부과에 따른 납부 이후에 증액경정처분 및 그에 따른 납부가 이루어진 경우 국세환급가산금의 기산일은 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제1호 본문에 따라 각각의 국세환급금이 발생한 국세 납부일의 다음날로 보아야 한다”고 판단하였다(대법원 2020. 3. 12. 선고2018다264161 판결 참조).

4. 평가

위 사안에서는 종합부동산세를 최초의 부과처분에 따라 납부 또는 신고납부한 후 제1, 2차 증액경정처분에 따라 납부한 경우가 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제1호 단서의 ‘2회 이상 분할납부된 경우’에 해당하는지가 쟁점이 되었다.

이에 대해 대법원은 1납세자가 당초의 신고 또는 부과나 각 증액경정처분마다 그에 따른 각각의 세액을 별도로 납부한 것일뿐 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제1호 단서의 ‘분할납부’에 해당한다고 보기 어렵고, 2과세처분이 판결 또는 직권에 의해 취소된 경우에 취소의 효력은 그 취소된 국세부과처분이 있었을 당시에 소급하여 발생하므로(대법원 1995.9. 15. 선고 94다16045 판결, 대법원 2013. 3. 14. 선고 2012다51097 판결 등 참조), 증액경정처분 이후 전체 세액 중 일부가 경정 또는 취소됨에 따라 발생한 국세환급금의 경우 그 취소사유에 따른 환급세액이 각 신고 또는 부과에 따라 납부한 각각의 세액 중 일부로 특정된다면 그 국세환급금은 각각의 납부일에 소급하여 발생한 것으로 보아야 하며, 3과세표준과세액을 증액하는 증액경정처분이 당초 신고나 결정에서의 과세표준과 세액을 그대로 둔 채 탈루된 부분만을 추가로 확정하는 처분이 아니라 이를 포함하여 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이라 하더라도, 이로써 당초 신고나 결정에 따라 이미 이루어진 납부 등에 관한 실체적 법률관계까지 실효된다고 볼 수 없다는 점을 근거로 삼고 있다.

이에 따르면 원고는 2009년 및 2010년 귀속 종합부동산세 등을 최초의 신고 또는 부과처분과 제1, 2차 증액경정처분에 따라 각각 납부한 것 일뿐 각 증액경정처분에 따른 세액을 ‘분할납부’하였다고 볼 수는 없다. 그 때문에 이 사건 환급금의 환급가산금 기산일은 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제1호 본문에 따라 각 국세납부일의 다음날로 보아야 할 것이다. 또한 이 사건 환급금은 최초 부과처분 및 신고, 제1, 2차 증액경정처분에 따른 각 납부분 중 각 재산세액 과소공제분 만큼 발생한 것이므로 그 각각의 금액을 납부한 다음날이 그 환급가산금의 기산일이 되어야 할 것이다. 이는 납세의무자에게 유리한 타당한 판결이라 하겠다.

[프로필] 김용주 법무법인 (유한) 서울센트럴 변호사
• 사단법인 한국프로스포츠협회 감사 • 대한배구협회 스포츠공정위원

• 법률신문 판례해설위원
• 전) 서울특별시 성동구·마포구 법률고문변호사
• 고려대학교 대학원 석사과정 수료(행정법전공)
• The University of British Columbia, School of Law(Visiting Scholar in Taxation

[조세금융신문(tfmedia.co.kr), 무단전재 및 재배포 금지]