(조세금융신문=김용주변호사) 1. 사건의 개요

H사는 2010 내지 2014 사업연도의 각 법인세 과세표준을 신고하면서 위 각 사업연도에 모두 결손금이 발생하였다고 신고하였다. 남인천세무서장은 2015년 5월 28일 H사에 대하여, H사가 특수관계인에 대한 매출채권을 정당한 사유 없이 비특수관계인인 일반거래처에 대한 매출채권의 평균회수기일보다 지연회수한 것으로 보아 그 지연회수한 매출채권의 인정이자 상당 금액을 부당행위계산으로 부인하고, 그 부인된 금액을 H사의 2010 내지 2014 사업연도의 익금으로 각 산입하여 2010 내지 2014 사업연도 각 법인세 과세표준의 결손금을 감액경정하였다(이 사건 결손금 감액경정). 그 후 남인천세무서장은 2015년 7월 1일 H사에게 일용직 인건비 지급관련 적격증빙 미수취를 원인으로 하는 가산세 부과처분을 하면서 위와 같이 경정된 과세표준을 함께 통지하였다.

2. 남인천세무서장의 이 사건 결손금 감액경정을 다툴 수 있는지 여부

가. 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것)하에서의 해석

구 법인세법 제13조는 “내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위 안에서 다음 각 호의 규정에 의한 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다”라고 규정하면서, 제1호에서 ‘각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액’을 이월결손금으로 공제한다고 규정하고 있었다.

이 경우 법인세 과세표준 결정이나 손금불산입 처분은 법인세 과세처분에 앞선 결정으로서 그로 인하여 바로 과세처분의 효력이 발생하는 것이 아니고 또 후일 법인세 과세처분이 있을 때 그 부과처분을 다툴 수 있으므로 법인세 과세표준 결정이나 손금불산입 처분은 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라고는 할 수 없었다(대법원 1996. 9. 24. 선고, 95누12842 판결).

즉 납세의무자는 세무공무원의 과세표준결정에 잘못이 있는 경우 그에 따라 이루어진 과세처분의 효력을 다투는 절차에서 이를 주장할 수 있고, 또 어느 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 금액은 모두 법인세법상 결손금에 해당하고, 법인의 과세표준 등 확정신고나 정부의 조사·결정에 따른 과세표준 등 확정시에 결손금으로 조사된 금액만이 결손금에 해당하는 것도 아니었다(대법원 1993. 11. 12. 선고 93누3677 판결).

따라서 이월결손금이 공제되지 아니하고 과세표준이 결정된 뒤 이를 전제로 이루어진 어느 사업연도의 법인세 부과처분이 확정되어 더 이상 그 과세표준이나 세액을 다툴 수 없게 되었다고 하더라도, 납세의무자인 법인은 확정된 과세처분과는 독립한 별개의 처분인 그 뒤 사업연도의 법인세 부과처분의 효력을 다툼에 있어서는 종전의 과세표준결정이 잘못되었다거나 법인세법의 관계 규정에 따라 소득에서 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 등의 주장을 다시 할 수 있었다(대법원 2002. 11. 26. 선고 2001두2652 판결).

나. 개정 법인세법하에서의 해석

그런데 법률 제9898호로 일부 개정되어 2010년 1월 1일 시행된 개정 법인세법은 제13조 제1호 후문으로 “이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나, 국세기본법 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금에 한정한다”라는 규정을 신설하였다[2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정된 법인세법 제13조 제1호 후문도 동일한 취지이고, 2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정된 현행 법인세법 제13조 제1항 제1호는 개정 법인세법 제13조 제1호 후문의 내용을 (나)목에서 규정하고 있다].

위 사건의 원심인 서울고등법원은 제1심판결 이유를 인용하여, 개정 법인세법이 시행되기 전의 사안인 대법원 2002. 11. 26. 선고 2001두2652 판결의 법리를 들어, 이 사건 결손금 감액경정이 H사에게 어떠한 권리나 의무를 설정하거나 그 법률상 이익에 직접적인 변동을 초래한다고 볼 수 없어 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하지 아니한다는 이유로, 이 사건 결손금 감액경정의 취소를 구하는 이 사건 소를 부적법하다고 하여 각하한 제1심판결을 그대로 유지하였다.

그러나 대법원은 “위와 같은 개정 법인세법 제13조 제1호 후문 규정은 원칙적으로 공제가 가능한 이월결손금의 범위를 신고·경정 등으로 확정된 결손금으로 축소하여 법적 안정성을 도모하기 위한 것이다. 이와 같은 관련 규정의 개정 경위와 개정 법인세법 제13조 제1호 후문의 문언 및 입법 취지 등에 비추어 보면, 개정 법인세법이 시행된 2010년 1월 1일 이후 최초로 과세표준을 신고한 사업연도에 발생한 결손금 등에 대하여 과세관청의 결손금 감액경정이 있는 경우, 특별한 사정이 없는 한 납세의무자로서는 결손금 감액경정 통지가 이루어진 단계에서 그 적법성을 다투지 않는 이상 이후 사업연도 법인세의 이월결손금 공제와 관련하여 종전의 결손금감액경정이 잘못되었다거나 과세관청이 경정한 결손금 외에 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 주장을 할 수 없다고 보아야 할 것이므로, 이러한 과세관청의 결손금 감액경정은 이후 사업연도의 이월결손금 공제와 관련하여 법인세 납세의무자인 법인의 납세의무에 직접 영향을 미치는 과세관청의 행위로서, 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라고 봄이 상당하다(대법원 2020. 7. 9. 선고 2017두63788 판결)”고 판단하였다.

다. 최근 대법원 판례에 따를 경우

위 최근 대법원판례(2017두63788)에 따를 경우 남인천세무서장의 이 사건 결손금 감액경정은 개정 법인세법이 시행된 2010년 1월 1일 이후 사업연도인 H사의 2010 내지 2014 사업연도에 발생하여 신고 된 결손금을 과세관청이 감액하는 경정으로 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라고 할 수 있다.

이처럼 개정 법인세법에 따라 과세관청이 결손금 감액경정을 한 경우, 대법원은 결손금 감액경정 통지를 항고소송의 대상으로 보아 그 통지가 이루어진 단계에서 그 적법성을 다투지 않는 이상 이후 사업연도 법인세의 이월결손금 공제와 관련하여 종전의 결손금 감액경정이 잘못되었다거나 과세관청이 경정한 결손금 외에 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 주장을 할 수 없다고 보고 있으므로, 이월결손금 공제처리와 과세관청의 어떠한 결정 등을 다툴지에 대해 매우 주의를 기울일 필요가 있다하겠다.

[프로필] 김용주 법무법인 (유한) 서울센트럴 변호사
• 사단법인 한국프로스포츠협회 감사 • 대한배구협회 스포츠공정위원

• 법률신문 판례해설위원
• 전) 서울특별시 성동구·마포구 법률고문변호사
• 고려대학교 대학원 석사과정 수료(행정법전공)
• The University of British Columbia, School of Law(Visiting Scholar in Taxation

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