(조세금융신문=김종규 기자) 조세심판원은 사주의 제수 및 자녀가 청구법인의 이사와 감사로 등재되어 노무의 제공 없이 고액의 급여를 수령한 인건비 등을 손금부인, 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단했다. 이에 따라 심판원은 처분청이 000가 재직기간 동안 청구법인이 경영 및 업무에 실제 참여, 근로 제공하였는지 여부와 그 노무제공의 정도 등을 재조사, 그 결과에 따라 세액 등 경정결정이 타당하다는 심판결정례를 내놓았다.
처분개요를 보면 1997.1.31. 설립되어 자동차용 모터 및 모터 부분품 제조업을 영위하고 있는 법인인 청구법인은 J지방국세청장(조사청)으로부터2019.3.6.~2019.6.23. 기간 동안에 대한 세무조사를 받았다.
J지방국세청의 세무조사 결과에 따르면 ▲실제 근무하지 않은 김000 등에 대한 인건비 000원(쟁점인건비)을 손금불산입하고 ▲청구법인이 매출액과 상계처리한 유상사급 자재 매입액 둥 재고자산으로 남아 있는 부분은 상계대상이 아니라고 보아 해당 금액 000원을 매출액으로 환원하여 익금산입하며 ▲청구법인이 법인세 신고 시 연구·인력개발비 세액공제로 신청하였던 000원 중 000원을 부인하는 내용으로 과세자료를 처분청에 통보하였다.
이에 따라 처분청은2019.8.14. 법인세 합계 000원(2014사업연도분 000원, 2015사업연도분 000원, 2016사업연도분 000원, 2017사업연도분 000원, 2018사업연도분 000원)을 각 경정·고지하였다.
청구법인은 이에 불복, 2019.11.6. 심판청구를 제기하였다.
청구법인은 재정경제부 조세지출예산과-000, 2006.9.20. 및 서면 2852, 2018.3.12.에 의하면 납품업체가 자기책임과 비용으로 납품조건을 충족하기 위해 선행개발된 기술을 바탕으로 자체기술에 의한 상품화 개발 및 Application 개발을 수행하는 과정에서 발생한 연구개발 전담부서의 신규모델 연구개발 관련 비용은 자체기술 개발비용에 해당한다고 주장했다.
따라서 모터 하우징 등 자동차 부품을 생산하는 제조기업으로서 청구법인은 기업부설연구소 인정서를 받아 운영하였는데, 부품 공급업체의 특성상 대다수의 연구개발 활동이 거래처의 납품의뢰에 따라 수행되었다고 판단했다.
청구법인은 대량생산하기 위한 양산단계 이전의 개발단계에서 제작된 쟁점금형비용은 선행개발된 기술을 바탕으로 자체기술에 의한 상품화 개발을 수행하는 과정에서 발생한 개발단계의 연구개발 관련 비용에 해당하므로 ‘일정 대가를 수수하는 경우에도’ 연구·인력개발비 세액공제 대상으로 보아야 한다고 주장했다.
처분청은 청구법인이 금형을 제작한 목적은 새로운 자동차 부품(코어나 하우징)을 개발하기 위하여 연구소에서 연구용 기구로 사용할 목적이 아니라 거래처로부터 제작납품을 의뢰 받아 수익사업을 위한 것으로 확인되었다고 판단했다.
따라서 청구법인이 거래처로부터 금형비를 전액 현금으로 회수한 사실이 확인된 이상, 순수 연구·개발 활동이 아닌 수익사업에 사용된 쟁점금형비용에 대하여 연구·인력개발비 세액공제를 부인한 처분청의 처분은 정당하다는 의견을 냈다.
한편 조세심판원은 청구법인의 대표자는 세무조사 당시 유상사급수입금액을 과소계상하였다는 취지의 확인서에 날인한 반면, 유상사급 부재료에 대하여 회계처리한 원장 등 이를 배척할만한 구체적인 증빙자료는 제시하지 않고 있는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단했다.
또 심판원은 청구법인은 쟁점금형비용에서 일정 이익을 더한 금액을 매출처로부터 전액 회수한 것으로 확인되는 점, 청구법인이 쟁점과세기간 동안 매출처로부터 위탁받아 수행한 연구개발은 청구법인 자신을 위한 것이 아니라 매출처를 위하여 한 것으로 보이는 점, 그리고 조사청은 청구법인의 ‘코어개발’연구비용에 대해서는 새로운 제품이나 기술을 개발할 목적으로 지출된 연구개발비에 해당한다고 보아 세액공제를 인정한 점 등에 비추어 이 건 쟁점금형비용은 순수 연구·개발활동이 아니라 청구법인의 수익사업에 사용된 것으로 봄이 타당하므로 동 비용을 연구·인력개발비 세액공제 대상으로 보아야 한다는 청구주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단했다.
그러나 조세심판원은 김000과 최000는 사주 최000의 제수 및 자녀로서 각각 청구법인의 이사와 감사로 등재되어 노무의 제공 없이 고액의 급여를 수령한 것으로 보이고 있는데, 이와 달리 청구법인이 제시하고 있는 심리자료만으로는 그들이 청구법인에 실제 근로를 제공하였다고 객관적으로 인정하기는 어려운 점 등에 비추어 처분청이 김000과 최000에게 지급된 쟁점인건비를 손금부인하여 법인세를 부과한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단했다.
이에 따라 청구법인에 대한 기여도에 상당하는 적정인건비를 산정하기 위하여 처분청으로 하여금 김000가 재직 기간 청구법인의 경영 및 업무에 실제 참여하여 근로를 제공하였는지 여부 및 그 노무제공의 정도를 재조사하게 하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 심리판단, 재조사 경정결정(조심2019중4519, 2021.02.09.)을 내렸다.
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