(조세금융신문=김종규 기자) 조세심판원에 따르면 피합병법인은 2015.5.30. 쟁점토지 등을 취득할 당시 임대사업자에 해당하였고 임대용 공동주택을 건축하기 위하여 쟁점토지를 취득하여 쟁점토지 등은 개정 전 지방세특례제한법 제31조 제1항에 따른 취득세 등의 감면요건을 충족한 것으로 보는 것이 타당하다고 판단, 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다는 심판결정례를 내놓았다.

조세심판원의 처분개요를 보면 AAA주식회사는 BBB주식회사가 2014.3.19. 처분청과 매매계약을 체결하여 연부로 취득 중인 000대지 000㎡(쟁점토지)에 대하여 2014.8.5. BBB주식회사와 권리의무승계계약을 체결한 후, 2014.9.30. 계약금 000원을 지급하고 동 금액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 000원, 농어촌특별세 000원, 지방교육세 000원 합계 000원을, 2015.2.11. 쟁점토지의 나머지 매매대금 000원을 지급한 후 2015.3.30. 이를 과세표준으로 하여산출한 취득세 000원, 지방교육세 000원 합계 000원을 각각 신고·납부하였다.

또 피합병법인은 2015.2.17. 쟁점토지상에 공동주택용 건축물 등의 건축공사에 착공하였고, 청구법인은 2017.1.12. 피합병법인을 흡수합병하였으며 2017.8.11. 쟁점토지상의 전용면적 60㎡이하 임대용 공동주택 000세대 연면적 000㎡(쟁점주택) 및 상가 000개호에 대한 사용승인을 받아 취득한 후, 2017.9.22. 쟁점토지의 지목변경에 따른 취득세 000원, 농어촌특별세 000원 합계 000원 및 쟁점주택 등에 대한 취득세 등 합계 000원을 각각 신고·납부하였다.

또한 청구법인은 2019.9.30. 등에 쟁점주택 및 그 부속토지 등이 지방세특례제한법 제31조 제1항 제1호에 따른 임대사업자가 입대할 목적으로 공동주택을 건축하는 경우에 해당하여 취득세 등의 면제대상이나, 같은 법 제177조의2규정에 따라 취득세 100분의 85를 감면해야 한다는 이유로 경정청구를 하였다.

처분청은 2019.11.27. 쟁점주택에 대한 취득세 등 000원을 환급하였으나, 쟁점토지(지목변경 포함)중 주택의 부속토지에 대한 취득세의 경우 피합병법인이 취득일부터 60일 이내에 쟁점토지를 임대물건으로 등록하지 아니하여 취득세 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보아 이를 거부하였다.

청구법인은 이에 불복해 2020.2.25. 이의신청을 거쳐 2020.7.27. 심판청구를 제기하였다.

청구인에 의하면 피합병법인이 쟁점토지를 취득한 2014.9.30. 및 2015.3.30. 당시 시행되던 지방세특례제한법 (2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것, 이하 “개정 전 지방세특례제한법”) 제31조 제1항은 임대주택 등에 대한 감면요건을 ‘민간임대주택에 관한 특별법에 따른 임대사업자가 임대용부동산 취득일부터 60일 이내[임대사업자로 등록한 경우’로 규정하고 있었을 뿐이고, 감면요건에 ‘해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록할 것’을 추가로 규정한 것은 2016.12.27. 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것, 이하 “개정된 지방세특례제한법”)이 개정된 이후이다.

따라서 기존 임대사업자인 피합병법인이 임대용 부동산을 취득한 후 60일 이내에 해당 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록하지 아니하였다 하여 취득세 등의 감면을 부인한 이 건 경정청구 거부처분은 부당하다고 주장했다.

처분청에 의하면 청구법인은 피합병법인이 쟁점토지를 취득한 2014.9.30. 및 2015.3.30.부터 60일이 경과한 2017.6.22. 쟁점토지를 임대목적물로 포함하여 임대사업자로 등록한 것으로 확인되었다.

또 청구주장에 의하더라도 피합병법인이 쟁점토지를 취득한 2014~2015년 당시 피합병법인의 임대사업자 등록증상 임대목적물로 기재된 공동주택 3세대 중 2세대는 이미 매도된 이후로 실제로 1세대에 대한 임대사업만 계속 중이었던 점 등에 비추어 쟁점토지에 대한 취득세 등의 감면을 부인하여 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다는 의견을 냈다.

한편 조세심판원에 따르면 청구법인은 2017.6.22. 쟁점주택 등을 임대목적물에 포함하여 민간임대주택에 관한 특별법에 따라 임대사업자로 등록한 후 2017.9.22. 쟁점토지의 지목변경에 따른 취득세 등 합계 000원을 신고·납부한 것으로 확인되었다.

또 지목변경에 따라 추가 납부한 취득세 등의 경우 개정된 지방세특례제한법 제31조 제1항에 의하더라도 감면요건을 충족한 것으로 확인되는 점 등에 비추어 피합병법인은 2015.5.30. 쟁점토지 등을 취득할 당시 임대사업자에 해당하였고 임대용공동주택을 건축하기 위하여 취득한 쟁점토지 등은 개정 전 지방세특례제한법 제31조 제1항에 따른 취득세 등의 감면요건을 충족한 것으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분청의 처분은 잘못이 있다고 심리판단, 취소결정(조심 2020지2042, 2021.08.17.)을 내렸다.

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