청구법인은 2014.6.30.일 000에 취득하고 281.09㎡ 건축물 중 39.6㎡는 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제46조에 따른 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 하여 취득세 등을 면제받았는데, 처분청은 이에 대하여 000을 부과· 고지했다. 청구법인은 이에 불복, 2015.11.16.일 심판청구를 제기하게 된 것이다.
청구법인에 따르면 청구법인의 기업부설연구소 인정이 취소된 것은 벤처기업 유효기간(2013.5.15.~2015.5.14.)의 연장 실수로 인한 연구소 유지의 기본인력(벤처기업 2명, 일반기업 3명)미달 때문이고, 이는 단순히 행정절차 실수로 인한 기업부설연구소 인정의 취소일 뿐 기업부설연구소를 폐쇄한 것이 아니며, 기업부설연구소 인정을 재신청하여 현재는 기업부설연구소로 다시 인정(2015.10.20.)되었고, 기업부설연구소 인정이 취소된 기간에도 기업부설연구소는 실질적으로 운영되고 있었으므로 처분청이 쟁점부동산에 대한 취득세 등이 추징대상이 된 것으로 보아 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장했다.
그러나 처분청은 쟁점부동산에 대한 취득세 등이 추징대상이 된 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다는 의견이다. 처분청의 의견에 따르면 청구법인이 2014.6.30.일 쟁점부동산을 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하였다하더라도 연구소를 설치한 후 4년 이내인 2015.7.10.일 청구법인의 기업부설연구소가 요건미달로 인정이 취소된 것이 확인되었으므로 쟁점부동산에 감면받은 취득세 등의 추징요건이 성립한 것이고, 2015.10.20.일 다시 기업부설연구소의 인정을 받았다 하더라도 이를 달리 볼 것은 아니다 라는 것이다.
한편 조세심판원은 청구법인이 기업부설연구소를 사실상 폐쇄한 사실 등이 나타나지 아니한 상황에서 기업부설연구소의 인정이 취소된 사실만으로 추징요건인 연구소를 폐쇄하거나 연구소 외의 용도로 사용했다고 보기 어려운 점 등으로 비추어보더라도 기업부설연구소를 설치한 후 4년 이내에 폐쇄하거나 쟁점부동산을 연구소 외의 용도로 사용한 것으로 보기 어려우므로 처분청이 취득세 등을 추징한 처분은 잘 못이 있다고 판시, 청구법인의 심판청구를 인용하고, 과세청의 과세처분을 취소결정(조심 2016지0075, 2016.10.6.)했다.
다음은 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료 내용이다.
▲000를 소재재로 하여 기업부설연구소의 인정을 받은 것으로 나타난다.
▲000로 변경되었고 연구전담요원은 3명으로 기재되어 있다.
▲000이고 연구전담요원은 2명이며 건물형태는 독립 공간 39.6㎡로 기재되어 있다.
▲청구법인은 2014.6.30. 000에 취득하고 위 건축물 281.09㎡ 중 39.6㎡(쟁점부동산)에 대하여는 지방세특례제한법 제46조에 따른 기업부설연구소에 직접사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등을 면제받았다.
▲000이 2015.3.15. 청구법인에게 보낸 벤처기업 유효기간 종료에 따른 기업부설연구소 인정 취소 예정 안내 문서에는 벤처기업 유효기간이 종료된 때에는 일반중소기업 인정요건(중소기업 5명 이상, 소기업 3명 이상)을 충족하여야만 기업부설연구소 인정효력이 지속될 수 있고, 따라서 귀 사는 벤처기업 인정요건이 만료되는 2015.5.14.일 까지 아래의 방법 중 한 가지를 선택하여 변경 신고 또는 자진 취소 등을 하여 주시기 바란다고 기재되어 있다.
▲000이 2015.7.10.일 청구법인에게 보낸 기업부설연구소 취소 통보 문서에는 본회에 신고 된 귀 사의 기업부설연구소는 인정이 취소되었음을 알려드린다고 기재되어 있다.
▲000이 2013.5.15.일 발행한 청구법인의 벤처기업 확인서에 의하면, 청구법인은 2013.5.15.일부터 2015.5.14.일까지를 유효기간으로 하여 벤처기업으로 확인받았음이 확인된다.
▲000이 2015.910.일 발행한 청구법인의 벤처기업 확인서에 의하면 청구법인은 2015.9.10.일부터 2017.9.9.일까지를 유효기간으로 하여 벤처기업으로 확인받았음이 확인된다.
▲000로, 신고년월일이 2015.10.14.일로 유효기간이 벤처기업만료일(2017.9.9.일까지)로 기재되어 있다.
▲처분청은 쟁점부동산에 설치된 청구법인 기업부설연구소의 정이 2015.7.10.일 취소된 사실을 확인하고, 청구법인이 이미 감면받은 쟁점부동산에 대한 취득세 등이 추징대상이 된 것으로 보아 2015.11.10.일 취득세 등 합계 000을 청구법인에게 부과· 고지하였다.
▲청구법인은 쟁점부동산을 취득하여 기업부설연구소로 계속 사용하였다고 주장하고 있고, 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 다른 용도 등으로 사용하였다는 입증서류 등을 제출한 사실은 없다.
[관련법령 풀이]
▲대통령령으로 정하는 기업부설연구소란?= 지방세특례제한법 시행령 제23조에서, 지방세법 제46조 제1항 본문에서 대통령령으로 정하는 기업부설연구소라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 미래창조과학부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다고 규정하고 있다.
위와 같은 규정에서 연구소를 폐쇄하거나의 의미는 연구소의 시설을 없애거나 그 기능을 정지하여 더 이상 연구소 용도로 사용하지 아니한 것을 의미하고, 다른 용도로 사용하는 경우란 해당 부동산을 실질적으로 연구소 외의 용도로 사용하는 것을 의미한다.
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